Zotero - auxiliar a capturar os dados das referências, organizá-las por tags e/ou em coleções, e gerar a lista final de referências no documento (usando um plugin para o Word).
Mapas mentais
XMind - para criar e estudar estruturas de conteúdos em forma de mapas mentais.
Análise e organização da literatura
Obsidian - para criar redes de anotações interligadas e construir bases de conhecimento.
MaxQDA - para organizar trechos de textos por palavras-chave e recuperar esses trechos posteriormente.
PDFXChange Editor - permite definir uma cor de realce para cada parte do texto em PDF (hipóteses, lacunas, dúvidas, etc.)
Outras
WeTransfer - para transferir grandes arquivos
FreeCommanderXE - para gerenciar arquivos com dois paineis e organização em diversas abas em cada painel.
FreeFileSync- para manter suas pastas sincronizadas entre diferentes computadores, não perder as modificações feitas e manter um backup do que já foi produzido.